Aragorn, Legolas et Gimli trouvent Boromir mort, criblé de flèches. Pour venger leur ami et retrouver Merry et Pippin, ils s'élancent à la poursuite de la troupe d'Orques tout en sachant que le destin du Porteur de l'Anneau ne leur appartient plus. Ils croisent en chemin, sur le territoire du Rohan, une troupe de cavaliers avec Eomer à leur tête qui accepte de leur prêter des chevaux. Ils chevauchent jusqu'à la Forêt de Fangorn où ils rencontrent Gandalf le Cavalier Blanc, renvoyé sur Arda pour finir sa mission. Ils leur informent que les Hobbits sont avec les Ents.
Ils galopent ensuite en direction de Meduseld, la demeure de Théoden, roi de Rohan qui réunit son armée au Gouffre de Helm pour faire face à un assaut de Saruman. L'armée de Théoden victorieuse, ils chevauchent vers Orthanc l'Imprenable, la Tour de l'Isengard où réside Saruman. Celui-ci a été défait par les Ents menés par Sylvebarbe avec Merry et Pippin. Gandalf offrit alors une chance à Saruman de se repentir mais celui-ci refusa et fut chassé de l'Ordre des Magiciens et son bâton fut brisé. Son serviteur Langue de Serpent jeta alors sur Gandalf un Palantìr, une des pierres voyantes de l'ancienne Nùmenor. Le Palantìr fut confié à Aragorn qui est son légitime propriétaire. Gandalf prit alors Pippin avec lui sur son cheval Gripoil, seigneur des Méharas et des chevaux.
Frodon et Sam avancent toujours plus prêt de la Montagne de Feu mais découvrent qu'ils sont suivis par Gollum, celui-ci voulant regagner l'Anneau. Les 2 Hobbits le firent captif et lui firent promettre sur l'Anneau de les guider à travers le Mordor et de servir Frodon. Ils traversèrent les Marais des Morts et atteignirent le désert s'étendant devant la Porte Noire du Mordor. Souvent un Nazgûl passait au dessus d'eux et faisait souffrir le Porteur de l'Anneau. Ils atteignirent enfin Cirith Gorgor, l'entrée du territoire de l'Ennemi et Morannon, la Porte Noire.
Étant impossible de passer par là, Gollum les conduisit vers un passage secret connu sous le nom de Cirith Ungol. Sur la route, ils furent repérés par une troupe d'hommes du Gondor commandée par Faramir, le frère de Boromir et fils de Denethor l'Intendant et Seigneur du Gondor. Faramir les mena à sa base cachée et Sam dévoila malencontreusement le but de leur mission. Faramir les aida néanmoins en leur fournissant de la nourriture.
Ils prirent la route de Minas Morgul pour atteindre Cirith Ungol et c'est à ce moment que le Mordor déversa sa première armée commandée par le Roi-Sorcier d'Angmar, chef des Nazgûls.
Gollum les conduisit au passage voulu et ils arrivèrent au sommet de ce col où Arachne un monstre en forme d'araignée attendait dans les tunnels du col: Gollum les avait trahi. Frodon fut empoisonné par Arachne en tentant de se défendre et Sam le trouva lié par sa toile. Fou de rage, il prit Dard l'épée elfique de Frodon ainsi que sa fiole de cristal pour faire fuir Arachne. Sam, pensant que Frodon était mort, prit l'Anneau afin de continuer la mission et le mit à son doigt, devenant soudain invisible. Une troupe d'Orques débarqua et prit Frodon pour l'emmener dans leur repaire. Sam apprit alors que son maître n'était pas mort mais juste endormi par le poison d'Arachne.
Le Tome 2 Les Deux Tours, divisé en deux livres (le III et le IV) se termine ici. Le dernier Tome Le retour du Roi raconte la Guerre de l'Anneau en Gondor, la chute de Sauron et le couronnement du Roi.